La Comunidad Educativa San Rafael está conformada por las Unidades Educativas Ave María y Jesús María (ambas con niveles Inicial y Primaria), San Rafael A y San Rafael B (Secundaria), siendo estas Unidades Educativas de convenio pertenecientes al Distrito Educativo Cochabamba 1. La Comunidad Educativa San Rafael se sitúa en la zona de “Las Cuadras” al sudeste de la ciudad de Cochabamba, en los ambientes pertenecientes a la parroquia San Rafael, en la calle Hans Grether, entre la avenida Belzu y la calle Julio Kanaudt. Hacemos a continuación un breve repaso a nuestra historia. El centro Ave María (antecesor de las Unidades Educativas Jesús María y Ave María) es fundado por el padre jesuita Jaime Nadal el 15 de mayo de 1959. Este centro estaba ubicado en la calle Armando Méndez en la actual Casa y Residencia de la Congregación Jesús María.
En 1962 las religiosas de la Congregación “Jesús María” se hacen cargo de este Centro Ave María. Tras varios años de funcionamiento, las religiosas de Jesús María desean ampliar la labor educativa que desarrollan en el Kinder Garden y en el Ciclo Básico. La parroquia San Rafael le ofrece sus ambientes para iniciar el colegio. Así comienza el 3 de febrero de 1969 la andadura de la etapa de Secundaria y del Colegio San Rafael. Ésta inicia con la dirección de las religiosas de Jesús María y el apoyo de los Padres que dirigen la parroquia, en aquella época procedentes de la Arquidiócesis de Dubuque de Estados Unidos. La primera directora será la Madre María de los Ángeles Villescas, siendo entonces el párroco el P. Raymundo C. Herman.
Inicialmente el colegio (Secundaria) será nombrado como “Ave María-San Rafael” para pasar más tarde a ser denominado “San Rafael”. En abril de 1969 se produce la integración del Colegio San Rafael (Secundaria) en el movimiento educativo Fe y Alegría. El Centro Ave María (Primaria) se integrará también en Fe y Alegría en el año 1972. El Colegio irá progresivamente completando todos los cursos. En 1974 tiene su primera Promoción. Los primeros cursos (Ciclo Intermedio, equivalente a los actuales 6º, 1º y 2º) funcionan en el turno de la tarde y los últimos cuatro cursos (Ciclo Medio, actuales 3º, 4º, 5º y 6º) en el turno de la mañana. Posteriormente, en el año 2014, con la aplicación de la ley 070 “Avelino Siñani – Elizardo Pérez”, se realizará una restructuración y se impartirán todos los cursos de Educación Secundaria en ambos turnos dando lugar a la actual estructura: San Rafael B (turno Mañana) y San Rafael A (turno tarde).
En 1976 se inaugura el actual edificio de Primaria en la calle Hans Grether # 1646, en el espacio contiguo al templo parroquial, realizándose el traslado a este ambiente del Centro Ave María.
En 1986, la Congregación de las religiosas de “Jesús María” dejará la dirección de la escuela y del colegio en manos de maestros/as laicos/as, para apostar por otras presencias misioneras.
En 1990 se crea el nivel inicial con dos cursos. Este nivel inicial se trasladará en 2010 al espacio que ocupaba anteriormente la Guardería parroquial San Rafael en la calle Hans Grether frente al edificio de Primaria. Este es el ambiente que se utiliza hasta hoy día, tratándose de un espacio compartido con PREEFA (Programa de Educación Especial Fe y Alegría) y que, perteneciente al municipio de Cochabamba, se disfruta en régimen de comodato. En el año 2004, las Unidades Educativas de San Rafael pasan a formar parte de los Centros Educativos Parroquiales de la Arquidiócesis de Cochabamba (CEPAC) y de la Comunidad Educativa de la Iglesia Local (CEIL).
El año 2007, por petición del Arzobispo de Cochabamba Monseñor Tito Solari, la Orden religiosa de los Padres Escolapios asume la parroquia San Rafael y la dirección general de las cuatro Unidades Educativas que conforman la Comunidad Educativa San Rafael. La Comunidad Educativa San Rafael forma parte de la Comunidad Educativa de la Iglesia Local (CEIL) de Cochabamba y de la Red Escolapia de Educación en Bolivia (REDE) que agrupa a 13 unidades educativas en Cochabamba (Cercado, Santivañez, Anzaldo y Cocapata) y Santa Cruz de la Sierra.